(一)微卫星扫描项目流程
样本提取DNA(可代客户提DNA)
合成荧光标记引物
(MLVA位点引物合成标定和筛选组合技术服务)
STR序列PCR 扩增 客户提供引物
扩增产物与内标混合直接检测(客户提供荧光标记引物的PCR产物)
ABI3730xl毛细管电泳检测
数据采用Genemarker或Genemapper 分析
发送结果(检测结果、实验报告、结果解析、BioNumerics软件聚类分析)
(二)公司在VNTR/MLVA/STR/SSR/AFLP微卫星扫描提供如下服务:
微卫星试验优化设计方案,包括荧光标记选择方案和引物设计
试验条件的评价和验证
对微卫星DNA进行PCR扩增
对PCR 扩增产物进行ABI3730xl毛细管电泳和测序
片段大小的精确分析和等位基因判读解析
相关软件的安装和培训(GeneMarker/Genempper4.0)
注:本公司可进行带有荧光标记产物的检测,包括直接检测和扩增后的检测。直接检测的结果将在
2-3 天之内反馈给客户;如需加急,会在48小时之内出结果。
(三)公司提供的技术服务和结果展示:
1)ABI3730XL电泳的原始文件(fsa格式);
2)提供实验结果96 孔对应之Excel表格形式结果,包括扩展大小、峰值大小、VNTR 数目解析
3)每个样品孔样品毛细管电泳峰图(JPG 格式)。
4)内标marker 1200bp和500bp的解析(解析的PCR 产物大小为1200bp和500bp)。
5)使用BioNumerics软件聚类分析
6)结果分析以及异常报告分析。
(四)毛细管电泳扫描技术还可用于扩增多态性分析(AFLP)
(五)送样要求:
一)、请注明样品的基本信息,包括:样品名称、样品类型、目的片段范围、荧光标记类型。
1)、样品名称:如果样品较少,可以直接写在订单中;如果样品超过一板(96个),建议客户可以将样品名称的电子表格发至我公司项目负责人的邮箱中(kwj@versatechltd.com),以便根据客户的检测结果进行命名。
2)、样品类型包括带有荧光标记的扩增产物原液和酶切产物原液。请提供至少10uL的产物量,其中5uL我们需要用来进行琼脂糖凝胶预电泳,以检测样品浓度。
3)、请务必标明目的片段的长度范围,以便选择合适的内标进行检测,不同的内标价格不同,本公司提供的内标类型有:400HD,GS500,GS600,GS1200,具体价格见收费标准。
4)、本公司可检测的荧光标记类型有:FAM,HEX,ROX,TAMRA,VIC,NED,TET。(不建议用PET荧光标记检测)
二)、请写明客户的检测要求,例如单个检测,还是混合检测;是否进行预实验;是否需要读取片段长度及截图。具体说明如下:
1)、单个检测,样品之间不会产生相互干扰的现象。
2)、如需混检,请标明混检方式。建议:如果混检的样品为同一种荧光标记,请保证产物的长度相差至少50bp,且无非特异性扩增,或非特异性扩增不会影响检测结果;不同荧光标记的产物原则上是可以混检的,但仍然建议产物长度相差20bp以上,以确保检测效果。
3)、如果是单个引物扩增,建议客户提供单个引物扩增的原液,由我们提供混检方案,尽量使各种颜色的峰在同一高度;如果是多重引物的扩增产物,请尽量控制不同荧光标记的产物扩增效率是一致的。
4)、请写明是否需要预实验。多于1板(96孔板)的样品,不论客户是否要求,我们都进行预实验,并提供预实验结果。如果预实验效果不好,实验室会直接与客户沟通是否继续检测。
5)、如果需要读取片段长度及截图,请注明检测样本的染色体倍数,引物名称、标记及对应的片段长度范围。
三)有公司提供PCR扩增并检测的样品取样要求:
1)、如客户自己提供引物,请注明具体浓度,并提供足够的引物量。
2)、如需公司合成引物,请提供引物序列及荧光标记类型。
3)、客户提供的模板浓度至少为40ng/uL,根据您需要扩增的引物数,请提供30-50uL的模板量;
4)、如果客户有很成熟的扩增程序,请在订单中注明,或以邮件形式发给我们;如没有成熟的扩增程序,需要我们进行条件摸索,建议客户先合成普通引物,确定好条件之后,再合成带有荧光标记的引物。
5)、需要客户提供产物的片段长度范围,以便实验室确定扩增结果是否是客户需要的片段。